لون العين هو نمط ظاهري متعدد الجينات يحدده عاملين: الصبغة التي في قزحية العين، ومقدار تشتت الضوء خلال الوسط الموجود في نسيج القزحية.

كما هو الحال مع بشرتنا، يتم تحديد لون العين عن طريق الصبغة. القزحية، التي تقع خلف القرنية (الطبقة الخارجية للعين)، هي نفسها مُكوّنة من طبقات مُتعدّدة، وفيهما توجد الخلايا المُنتجة للصباغ وتسمى الخلايا الصباغيّة,



كل شخص لديه نفس الكميّة تقريبًا من الخلايا الصباغيّة، لكن جيناتنا تُحدّد مقدار الصبغة، التي يطلق عليها الميلانين، والتي يتم إنتاجها. إنها نفس الصبغة التي تُحدّد لون البشرة، وكلما زاد إنتاجنا، كان اللون أغمق.



لذلك فإن الشخص ذو البشرة الداكنة لديه عيون داكنة اللون، وفي حالات نادرة يُنتج هذا الشخص كمية أقل من الميلانين.
في العيون يمر الضوء عبر الحدود الأماميّة ويتفاعل مع الخلايا الرماديّة في القزحيّة، والضوء المُنعكس يُعطي لون العين