بعد تسلم عمر بن الخطاب - رضى الله عنه -
مفاتيح بيت المقدس من البطريرك صفرونيوس
خطب عمر فى أهل بيت المقدس قائلا:
«يا أهل ايلياء لكم ما لنا وعليكم ما علينا»
ثم دعاه البطريرك لتفقد كنيسة القيامة،
فلبى دعوته، وأدركته الصلاة وهو فيها
فالتفت إلى البطريرك وقال له أين أصلى،
فقال «مكانك صل» فقال: ما كان لعمر
أن يصلى فى كنيسة القيامة فيأتى
المسلمون من بعدى ويقولون هنا
صلى عمر ويبنون عليه مسجدا.
مما يترتب عليه إيذاء مشاعر المسيحيين
والنيل من حرية عبادتهم فى المكان،
وابتعد عنها رمية حجر وفرش عباءته وصلى،
وجاء المسلمون من بعده وبنوا على
ذلك المكان مسجدا المسمى بمسجد عمر.
واتّخذ شكل المربع، وهو مبنيّ من
أعمدة ومن بقايا جذوع الأشجار،
وحجمه ليس كبيرًا مقارنة مع مسجد الصّخرة.